ヒトや動物の腸内や自然環境に広く存在し、通常病原性はありませんが、いくつかの大腸菌はヒトに病原性をもち、これらを総称して病原大腸菌（又は下痢原性大腸菌）と呼ばれています。
病原大腸菌（又は下痢原性大腸菌）は、下記の５種類に分類されています。
（１）腸管毒素原性大腸菌（ＥＴＥＣ）
（２）腸管侵入性大腸菌（ＥＩＥＣ）
（３）腸管病原性大腸菌（ＥＰＥＣ）
（４）腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）
（５）腸管凝集接着性大腸菌（ＥＡＥＣ）
大腸菌には多くの種類があるため、菌体（Ｏ抗原）や鞭毛（Ｈ抗原）などの種類により番号で型別に分類します。
この型別を血清型別と呼びます。例えば大腸菌Ｏ１５７は、１５７番タイプのＯ抗原をもつ大腸菌ということになります。
食肉（特に牛肉）を使用した料理｛レバ刺し（生レバー）、ユッケ（牛刺し）等、生食肉や加熱不十分な食肉｝。
大腸菌に汚染された井戸水。
肉類は生や半生で食べず、十分に加熱しましょう（７５℃、１分間以上）。
生肉を取扱った後や、トイレの後はしっかり手を洗いましょう。
生肉を調理する器具（包丁やまな板）は専用のものを使用するか、使用後は洗浄・消毒を確実に実施しましょう。
焼肉やバーベキューのとき、肉を焼く（生肉をとる）「はし」と食べる「はし」を使い分けましょう。
冷蔵庫内などで、肉のドリップ（生肉の汁）が他の食品に付着しないよう注意しましょう。
生水（井戸水や湧き水など）は煮沸など殺菌してから飲みましょう。